1、整体体系普通只是门槛标准
整体体系达到标准不代表你优秀，更谈不上卓然。所以，你可以看见经过证明的公司数量极多，但真正产质量量超凡、管理有经验冒尖的公司却百里挑一。
因为整体体系在引导上的普适性，它注定了更适应作为准入阶段的要求，即所说的的最低标准(当然在中国，常常有低于最低标准的产品也进入了市场，这是一个市场管制的问题)。公司成熟后不可以满意于经过证明，势不可缺少用高于整体体系的标准来要求自个儿，对于那一些寻求优秀、乃至于卓然的公司更是这么。
2、整体体系文件带来管理上的“多张皮”
整体体系一般只会聚打理管理的一个方面，譬如ISO9001关心注视品质，ISO14001关心注视环保，ISO18001关心注视生业康健。但实际上公司的战略挑选一般是一种竞争要素的均衡，譬如在品质、交期、成本、创新等方面，挑选最合宜公司有经验和资源约束的策略。所以只会聚纯一方面的整体体系管理在战略思惟下，难以避免有着系统性不充足的问题。
其次，因为整体体系本身不可以摆脱具体的打理运作活动，那末当一个业务活动，譬如产品制作，即牵涉到品质、又牵涉到环保、还牵涉到生业康健时，这个活动的执行过程便会在多套整体体系文件中都有论述，而因为管理焦点不一样，多套整体体系文件中对同一业务活动的描写有可能还不尽相同。这种重复性的描写，使整体体系文件之间萌生冲突的有可能性变大，这个之外还会增加文件保护的困难程度。
而多套整体体系文件的存在所带来的最严重问题，就是使执行变得更为艰难。试着想想一项办公有好几份引导文件，就好比作战时有两个不一样思考的线索的指挥官，必然增加基层职员了解和掌握办公标准的困难程度，也就增加了执行的复杂度。“多张皮”的管理带来的最后结果一般就是没有不论什么一个整体体系的要求获得彻底的落到实处，这也是整体体系文件难于管用执行的主要端由之一。
3、整体体系文件一般是为了证明而编著
我不确认是否这是中国的特有现象，还是是在国内尤其的泛滥，总之在我所接触的范围内，“证明”仿佛好象已经成为一种非常低端的服务。公司会倾向于用很短的时间完成整体体系文件的编著并经过证明，更有甚者，期望直接花钱购买，或请别人代笔。这些个整体体系文件的最终结局最终不可思议，一定是睡在书柜里。
在大部分数公司中，整体体系文件的编著过程普通匮缺跨部门的商议剖析，更匮缺执行者、供应商和客户的积极参加。各种操作细节没有正确完整的描写，表单没有依据业务经验施行上限的优化，过于着重提出节控制制而疏忽操笔者的办公习性，都有可能造成整体体系文件的可操作性难于获得保障，这是整体体系文件难于管用执行的主要端由之二。
4、整体体系文件普通匮缺真正的责任机制
整体体系文件的封面上，普通有多少人签名，但你很难说这些个人在整体体系文件失去效力时实在会承受啥子责任，何况一般最终一个签名的定然是总经理。
另一方面，纵然有问责机制，那一些外表承受责任的人并不尽然实在能够影响文件的更新或再预设。假如没有足够的身分和权力委托，没有规定的时间投入和举动要求，只是简单定义责任人的行径，并不可以要得整体体系文件的监视管理获得改善。而一朝监视管理失去效力，就没可能存在管用的数值搜集和量化名声，连续不断改善就只能是一个“幻想”了。